Герб Главного управления информационных систем ФАПСИ. 1999-2003.

Улиткообразно разделенный белой эмалью, лазурью и червленью русский щит поверх стоящего острием вниз серебряного меча помещен на груди увенчанного одной золотой императорской короной с окаймленными золотом ниспадающими лазуревыми лентами золотого двуглавого орла с черными молниями на распростертых крыльях, держащего в правой лапе серебряное державное яблоко, в левой – серебряный пылающий факел.

Раскрытие символики герба. Всеобъемлющий, вселенский характер информации символизируют спиралевидные линии деления щита, созвучно спиралевидной структуре мироздания – от молекулы ДНК до галактики. Три цвета щита – белый, синий (лазуревый, васильковый) и красный (червленый) соответствуют цветам российского флага и подчеркивают государственную принадлежность Управления. Держава в правой лапе орла свидетельствует о правительственном уровне задач, горящий факел символизирует свет знания.